Kejadian Kontroversial

Selain itu, dalam perjalanannya, PERSEBAYA beberapa kali mengalami kejadian kontroversial. Saat menjuarai Kompetisi Perserikatan pada tahun 1988, PERSEBAYA pernah memainkan pertandingan yang terkenal dengan istilah "sepak bola gajah" karena mengalah kepada Persipura Jayapura 0-12, untuk menyingkirkan saingan mereka PSIS Semarang yang pada tahun sebelumnya memupuskan impian PERSEBAYA di final kompetisi perserikatan. Taktik ini setidaknya membawa hasil dan PERSEBAYA berhasil menjadi juara perserikatan tahun 1988 dengan menyingkirkan PSMS 3 - 1.

Pada Liga Indonesia 2002, PERSEBAYA melakukan aksi mogok tanding saat menghadapi PKT Bontang dan diskors pengurangan nilai. Kejadian tersebut menjadi salah satu penyebab terdegradasinya PERSEBAYA ke divisi I. Tiga tahun kemudian atau tahun 2005, PERSEBAYA menggemparkan publik sepak bola nasional saat mengundurkan diri pada babak delapan besar sehingga memupuskan harapan PSIS dan PSM untuk lolos ke final. Atas kejadian tersebut PERSEBAYA diskors 16 bulan tidak boleh mengikuti kompetisi Liga Indonesia.Namun, skorsing diubah direvisi menjadi hukuman degradasi ke Divisi I Liga Indonesia.

Kontroversi yang lain adalah pemerkosaan yang dilakukan oleh pemain PERSEBAYA terhadap seorang gadis bernama Yuli. Pemain PERSEBAYA yang berinisial AL itu memperkosa gadis yang menjadi fans Persabaya di rumah kostnya. Akibat kejadian itu, AL dihukum larangan bertanding seumur hidup.